0120-0126

- 서버접속 bad port gateway error : 포트번호 틀렸을때 나는 errors

- 가상환경 접속 문제 : .bashrc, commonR에서 자동으로 load하는 packages 의 문제일 가능성

- single cell : TPM, FPKM 이 아닌 cnt를 사용함 (read depth가 낮아서) / bulk의 경우 cnt dataset 사용 (normalization된 TPM)

- cellxgene의 .X : cnt dataset (.raw_X가 있을 경우) / 혹은 raw dataset일 수도 있음

- scFoundation model은 전체 gene cnt에 대한 downsampling을 수행

- bash 파일에서 사용자 입력 받기

read -p "Enter GPU Device ID: " GPU_ID
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=$GPU_ID

 

- 같은 열의 중복을 제거하기 : groupby

X_df = X_df.groupby(X_df.columns, axis=1).max() # 이전) axis=1을 사용하는 방식
X_df = (X_df.T.groupby(X_df.columns).max().T)   # 권장) df.T.groupby 사용

# .max() or .sum() 사용

 

- 열 순서 처리

X_df = X_df[gene_list]

 

- 환경변수 $PATH

 

• 명령어를 실행할 때 검색할 디렉토리 목록을 정의. 왼쪽에서 오른쪽 순서로 검색.